Après une première saison axée sur la course contre la montre de six personnages pris dans les rouages d'un complot scientifico-financier, ce nouveau chapitre de la série Alter Ego démarre trois ans après que le secret des Alter Ego a été dévoilé au monde. L'onde de choc médiatique est passée, et l'opinion se divise désormais en trois catégories : ceux qui croient à l'existence des Alter Ego, ceux qui n'y croient pas, et ceux qui, ne sachant que penser de cette découverte, doutent.Noah et Zélia, réconciliés malgré leur lourd passé, ont fondé une communauté spirituelle dans les Canaries. Rejoints par de nombreux adeptes, dont la jeune médium Teehu, ils délivrent un message de paix et de tolérance au reste du monde. Pourtant, sous des dehors apparemment inattaquables, la réalité semble bien moins idyllique. Capable de percevoir les Alter Ego des gens qu'elle côtoie, Teehu va découvrir en effet que les intentions de Noah, et ses pratiques au sein de la communauté, ne sont pas aussi pures qu'il le prétend.