Les grands affrontements ninjas appartiennent désormais au passé. Le village caché de Konoha jouit de la paix retrouvée. Cependant, le clan Otsutsuki attaque Konoha, et Boruto. le fils du 7ª Hokage, se retrouve avec un étrange sceau: le kama... Plus tard, Boruto fait la rencontre de Kawaki qui porte, lui aussi, un kama. Afin d'assurer la protection de Kawaki, Naruto le fait vivre chez lui. Kawaki s'habitue petit à petit à la vie du village et commence à respecter Naruto. Isshiki Otsutsuki tente de passer dans le corps de Kawaki, mais finit par mourir. Code veut poursuivre la volonté des Otsutsuki et, grâce à une soeur et un frère, Ada et Daemon, il parvient à ôter ce qui limitait sa puissance. Finalement, Code se dissocie d'Ada et Daemon. Ceux-ci se rendent à Konoha, et c'est l'équipe nº 7 qui est chargée de les surveiller. À la grande surprise de tous, Amado avoue qu'il a pour objectifs la puissance des Otsutsuki et la résurrection de sa fille. À cet instant, la conscience de Momoshiki, qui est à l'intérieur de Boruto, se réveille, et Boruto voit une scène dans laquelle Mitsuki et ses autres amis le considèrent comme un ennemi ?!