Les aventures de deux dresseurs talentueux dans la région d'Unys !Noir a vaincu Inézia et se prépare à partir pour la prochaine arène, mais son voyage est rapidement interrompu par l'état préoccupant de Blanche. Cette dernière, après une rencontre traumatisante avec N, décide de se remettre en question. Alors qu'elle pensait connaître les attentes et désirs des Pokémon, elle est convaincue de s'être fourvoyée. Elle prend la terrible décision de quitter Noir et monte dans le métro combat pour comprendre un peu mieux l'instinct du combat inné en chaque Pokémon. Tcheren de son coté est victime d'un conflit avec une unité de la Team Plasma et l'aide de Noir ne sera pas de trop pour se débarrasser des importuns.