Fin du XIXe siècle. Dans un monde parallèle où règne l'alchimie, le pouvoir de transformer la matière, Edward et Alphonse Elric, fils d'un alchimiste de renom porté disparu, perdent également leur mère, victime de la maladie. Les deux jeunes prodiges vont tenter de la ramener à la vie grâce à leur savoir. Mais comme toute science, l'alchimie exige le respect de certaines règles que les deux frères vont transgresser. Leur tentative de résurrection tourne dès lors au désastre : Edward perd un bras et une jambe tandis qu'Alphonse est complètement dématérialisé. Heureusement Edward réussira à enfermer l'âme de son frère dans une armure. Débutent alors les aventures de ce duo fraternel, qui grimpera très rapidement les échelons de l'alchimie d'Etat et dont le but est de retrouver la pierre philosophale dont le pouvoir devrait leur permettre de retrouver leurs corps d'origine, et peut être même de ressusciter leur mère.