Yonder se déroule sur l'île de Géméa, un paysage luxuriant aux huit environnements distincts, des plages tropicales aux sommets enneigés. Chaque environnement a une faune et flore propres qui changent selon les saisons en plus d'un rythme jour et nuit. Autrefois un paradis, un miasme maléfique a recouvert les terres de Géméa et ses habitants perdent espoir. Vous êtes le héros de Yonder : à vous d'explorer Géméa, découvrir ses secrets et en apprendre plus sur vous-même durant ce voyage. Votre quête vous mènera à vous associer avec les esprits, seules créatures capables de dissiper le miasme et de sauver Géméa et ses habitants. Les villages de Géméa sont habités par des personnes au grand cœur qui ont affronté de nombreux problèmes depuis l'arrivée du miasme. En contribuant sur l'île à travers l'agriculture, l'artisanat, la cuisine, la pêche et la concoction, vous établirez de bonnes relations avec les autochtones qui vous fourniront des ressources et une nouvelle ferme en récompense.