Krabat est un jeune orphelin de treize ans qui erre ici et là dans la campagne bohêmienne, essayant tant bien que mal de trouver de la nourriture et un endroit où dormir. Un soir d'Epiphanie, il rencontre un corbeau qui le convainc de le suivre dans le vieux et sinistre moulin du marais de Kosel. Une fois sur place, il rencontre un meunier au visage affreux qui est aussi un sorcier. Ce dernier lui propose de devenir son apprenti et de travailler pour lui en échange d'un lit et de repas chauds. Malgré une certaine peur, Krabat ne peut refuser cette offre. Il fait alors la rencontre de onze autres apprentis à l'air triste qui deviendront ses amis. Le travail au moulin est très dur et leur maître n'hésite pas à les frapper injustement. Krabat essaiera de s'enfuir mais le sorcier le rattrapera sans difficulté. En effet celui-ci a le pouvoir de transformer les individus et donc lui-même en n'importe quel animal, ce qu'il apprendra à ses disciples lors de rituels qu'ils suivent en étant transformés en corbeaux. Le temps passant, Krabat fera la connaissance d'une douce et belle jeune fille avec qui il vivra une relation amoureuse qui déplaiera fortement au sorcier. Le jeune garçon découvrira aussi que chaque année, le disciple le plus ancien doit défier le maître dans une bataille à mort de magie qui finit toujours à l'avantage du sorcier. Krabat tentera alors par tous les moyens de sauver ses amis d'une mort certaine tout en préservant sa relation amoureuse...